1. 股权转让时的公允价值该如何确定
公允价值的确定一般做法是聘请资产评估公司进行公司整体资产的评估，得出公司所有者权益的公允价值，再根据比例计算出转让股权的公允价值，例如公司资产评估总价为100万，负债为50万，则所有者权益为50万，5%的股份的公允价值为2.5万元。
而股权转让的交易价格则是开天杀价，落地还钱了，主要看转让双方的协商了，类似上市公司的股票交易。
注意的是：现地税部门有文件规定，在公司变更税务登记时对公司的股权转让价进行审核，原则上要求股权转让价不能低于转让股份的公允价值，否则需按公允价值扣缴出让股份股东的个人所得税。
2. 怎样确定有限责任公司股权转让的价格
首先是双方协商，协商价格优先；
比较合理的是根据公司账面净资产确定；
如果公司拥有无形资产和不动产，最好对资产进行评估，按照公司实际资产价值确定；
公司发展速度，利润情况，也会影响定价，由凡是营收比例确定的，也有根据利润比例确定的。
股权转让价格没有标准的计价标准，但是税务局会根据账面净资产确定征税标准，如果协商价格低于净资产价格，税务局会根据净资产价格确定征税基数，要求缴纳所得税。